MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Lawsonia intracellularis N343 plasmid 2

Total Repeats: 444

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020129	AT	3	6	5	10	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020129	A	7	7	32	38	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020129	TTTG	2	8	47	54	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020129	ATT	2	6	74	79	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020129	ATT	2	6	81	86	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020129	AATT	2	8	92	99	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020129	CTT	2	6	101	106	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_020129	TAA	2	6	109	114	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020129	A	6	6	113	118	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020129	AT	3	6	127	132	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020129	AGA	2	6	159	164	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020129	AACT	2	8	165	172	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
13	NC_020129	ATA	2	6	209	214	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020129	TAA	2	6	232	237	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020129	ATA	2	6	238	243	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020129	AGT	2	6	245	250	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020129	A	7	7	295	301	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020129	TAGT	2	8	304	311	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020129	AT	3	6	319	324	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020129	AAC	2	6	343	348	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_020129	TAAA	2	8	1052	1059	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020129	A	6	6	1057	1062	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020129	T	6	6	1080	1085	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020129	ACAAA	2	10	1099	1108	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020129	TA	3	6	1126	1131	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020129	A	6	6	1159	1164	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020129	AT	3	6	1245	1250	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020129	CAAT	2	8	1285	1292	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_020129	ATA	2	6	1293	1298	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020129	TAT	2	6	1304	1309	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020129	TA	3	6	1326	1331	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020129	A	7	7	1342	1348	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020129	AAT	2	6	1369	1374	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020129	A	6	6	1391	1396	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020129	AAT	2	6	1401	1406	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020129	ATA	3	9	1449	1457	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020129	ATTA	2	8	1477	1484	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020129	TAAT	2	8	1502	1509	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020129	AT	3	6	1571	1576	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020129	TAT	2	6	1604	1609	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020129	AT	3	6	1628	1633	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020129	A	7	7	1641	1647	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020129	ATT	2	6	1659	1664	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020129	ATT	2	6	1679	1684	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020129	TAA	2	6	1802	1807	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020129	CAAT	2	8	1851	1858	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
47	NC_020129	A	6	6	1922	1927	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020129	TAA	2	6	2002	2007	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020129	A	8	8	2017	2024	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020129	A	6	6	2121	2126	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020129	TA	3	6	2145	2150	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020129	TAAT	2	8	2170	2177	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020129	TAA	2	6	2238	2243	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020129	A	6	6	2265	2270	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020129	TAAAA	2	10	2570	2579	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020129	ATT	2	6	2590	2595	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020129	TTA	2	6	2622	2627	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020129	TAA	2	6	2639	2644	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020129	ATTT	2	8	2671	2678	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020129	AC	3	6	2710	2715	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_020129	TCC	2	6	2735	2740	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
62	NC_020129	T	6	6	2756	2761	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020129	AAT	2	6	2770	2775	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020129	GTC	2	6	2776	2781	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_020129	AAT	2	6	2782	2787	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020129	AT	3	6	2794	2799	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020129	TA	3	6	2819	2824	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020129	TAC	2	6	3886	3891	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_020129	ATA	2	6	3896	3901	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020129	T	7	7	3906	3912	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020129	TA	3	6	3918	3923	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020129	TTA	2	6	3928	3933	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020129	T	6	6	3957	3962	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020129	TAGA	2	8	3966	3973	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020129	A	6	6	4001	4006	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020129	A	6	6	4023	4028	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020129	A	6	6	4045	4050	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020129	A	6	6	4067	4072	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020129	A	6	6	4087	4092	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020129	ATT	2	6	4112	4117	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020129	TA	4	8	4120	4127	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020129	T	6	6	4131	4136	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020129	T	6	6	4150	4155	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020129	ATAA	2	8	4210	4217	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020129	AATT	2	8	4218	4225	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020129	A	6	6	4236	4241	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020129	AGA	2	6	4248	4253	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020129	AAT	2	6	4254	4259	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020129	TAT	2	6	4293	4298	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020129	A	6	6	4355	4360	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020129	TCT	2	6	4369	4374	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_020129	TTA	2	6	4383	4388	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020129	TAA	2	6	4449	4454	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020129	T	8	8	4469	4476	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020129	TAA	2	6	4487	4492	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020129	AT	3	6	4544	4549	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020129	TA	4	8	4608	4615	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020129	TTA	2	6	4616	4621	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020129	TAT	2	6	4644	4649	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020129	TTA	2	6	4652	4657	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020129	TAA	2	6	4660	4665	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020129	TA	4	8	4675	4682	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020129	ATGT	2	8	4688	4695	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020129	TAAA	2	8	4699	4706	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020129	TAT	2	6	4716	4721	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020129	TA	3	6	4725	4730	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020129	GAT	2	6	4822	4827	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020129	ATT	2	6	4850	4855	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020129	AGA	3	9	4866	4874	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020129	GAA	2	6	4876	4881	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020129	TTA	2	6	4989	4994	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020129	TA	3	6	4993	4998	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020129	TAG	2	6	5003	5008	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020129	TA	3	6	5048	5053	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020129	ATA	2	6	5060	5065	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020129	ATA	2	6	5075	5080	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020129	TTA	2	6	5084	5089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020129	T	6	6	7928	7933	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020129	AGA	2	6	7945	7950	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020129	TAA	2	6	7972	7977	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020129	TA	3	6	7978	7983	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020129	T	6	6	7988	7993	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020129	TTA	2	6	8012	8017	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020129	T	9	9	8019	8027	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020129	AT	4	8	8051	8058	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020129	TTAC	2	8	8059	8066	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_020129	AT	3	6	8076	8081	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020129	TTAG	2	8	8087	8094	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020129	TAAA	2	8	8096	8103	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020129	TA	3	6	8130	8135	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020129	TATTG	2	10	8154	8163	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020129	TAA	2	6	8175	8180	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020129	TAA	2	6	8189	8194	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020129	ATT	2	6	8235	8240	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020129	TAAA	2	8	8259	8266	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_020129	A	6	6	8286	8291	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020129	ATAA	2	8	8307	8314	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_020129	AAT	2	6	8326	8331	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_020129	TCT	2	6	8338	8343	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_020129	TAT	2	6	9538	9543	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020129	TAA	2	6	9550	9555	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020129	TTA	2	6	9584	9589	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020129	GTT	2	6	9595	9600	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_020129	A	6	6	9604	9609	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_020129	A	6	6	9620	9625	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020129	ACA	2	6	9655	9660	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_020129	T	7	7	9677	9683	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_020129	AGAT	2	8	9724	9731	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_020129	TAG	2	6	9749	9754	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
150	NC_020129	TTA	2	6	9758	9763	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020129	ATT	2	6	9767	9772	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_020129	ATT	2	6	9809	9814	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_020129	TTA	2	6	9836	9841	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_020129	TTA	2	6	9929	9934	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_020129	AT	3	6	9943	9948	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_020129	TTTA	2	8	9954	9961	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_020129	T	6	6	9970	9975	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_020129	AGT	2	6	9993	9998	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
159	NC_020129	A	7	7	10040	10046	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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161	NC_020129	TTA	2	6	10064	10069	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_020129	A	7	7	10074	10080	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_020129	ATT	2	6	10105	10110	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_020129	A	6	6	10125	10130	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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176	NC_020129	TAC	2	6	10433	10438	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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181	NC_020129	T	7	7	12724	12730	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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194	NC_020129	TAT	2	6	19355	19360	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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273	NC_020129	AT	3	6	29875	29880	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
274	NC_020129	TAGA	2	8	29885	29892	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
275	NC_020129	TA	3	6	29920	29925	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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282	NC_020129	TATT	2	8	30146	30153	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
283	NC_020129	TA	3	6	30154	30159	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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289	NC_020129	A	6	6	30305	30310	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
290	NC_020129	TTAT	2	8	30319	30326	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
291	NC_020129	TAA	2	6	30356	30361	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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294	NC_020129	AGA	2	6	30428	30433	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
295	NC_020129	T	7	7	30564	30570	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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299	NC_020129	TTG	2	6	30653	30658	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
300	NC_020129	AAT	2	6	30659	30664	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
301	NC_020129	T	6	6	30721	30726	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
302	NC_020129	TCT	3	9	30730	30738	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
303	NC_020129	CTTT	2	8	30799	30806	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
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305	NC_020129	TATAT	2	10	30898	30907	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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431	NC_020129	A	6	6	38491	38496	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
432	NC_020129	TAC	2	6	38516	38521	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
433	NC_020129	ATATA	2	10	38531	38540	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
434	NC_020129	AT	4	8	38563	38570	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
435	NC_020129	GTA	2	6	38576	38581	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
436	NC_020129	GTA	2	6	38594	38599	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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438	NC_020129	TA	4	8	38643	38650	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
439	NC_020129	A	6	6	38667	38672	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
440	NC_020129	CAT	2	6	38677	38682	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
441	NC_020129	A	6	6	38688	38693	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
442	NC_020129	AT	3	6	38696	38701	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
443	NC_020129	ATT	2	6	39863	39868	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
444	NC_020129	ATT	2	6	39870	39875	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.